Przy ulicy Kościuszki, dziś jednej z głównych arterii miasta, ruchliwej i gwarnej, w ostatniej ćwierci XIX w. powstał dom sióstr kapucynek. Wówczas miejsce to wybrane zostało jako ciche i spokojne, stosowne do kontemplacyjnego charakteru zgromadzenia. Dzisiaj w neogotyckim kompleksie zabudowań klasztornych zamieszkują siostry Klaryski od Wieczystej Adoracji. W przyklasztornym kościółku nieprzerwanie od 1910 r. trwa adoracja Najświętszego Sakramentu.
Kęcki klasztor założony został przez matkę Marię od Najświętszego Serca Jezusa Walentynę Łempicką w 1881 r. Była to druga na ziemiach polskich siedziba tego zgromadzenia. Macierzysty klasztor w Przasnyszu borykał się z niechęcią zaborczych władz. Po długoletnich staraniach siostra Maria uzyskała zgodę ordynariusza diecezji krakowskiej ks. Biskupa Albina Dunajewskiego na osiedlenie się sióstr kapucynek w Kętach. Z uzyskanych darów oraz kwesty prowadzonej przez siostry w 1880 r. zakupiona została działka z budynkiem starej poczty oraz małym domkiem, zaś rok później rozpoczęły się prace budowlane wg projektu inż. Margockiego. Kierował nimi gwardian klasztoru ojców reformatów o. Jacek Deszczułka. Opiekę duszpasterską nad kęckimi kapucynkami i ich kościołem sprawował kapucyn, ojciec Honorat Koźmiński. Według jego wskazówek powstało także wyposażenie świątyni. Istniejące zabudowania zostały wyremontowane, ponadto dobudowano drugie, parterowe skrzydło, ustawione prostopadle do już istniejącego domu.
13 lipca 1884 r. odbyła się uroczystość wmurowania kamienia węgielnego klasztornego kościoła, którego dokonał generał Zgromadzenia Księży Zmartwychwstańców, duchowy opiekun Marii Łempickiej ks. Piotr Semenenko. Prace kontynuowane były dzięki wsparciu licznych dobrodziejów, m. in. przedstawicieli miejscowych zamożnych rodów. 26 czerwca 1890 r. biskup Dunajewski konsekrował dzwon na sygnaturkę, ufundowany przez kapucynów z Zakroczymia.
W latach 1890-1893 sprowadzony do Kęt z Podhala przez matkę Marię z poręczenia właścicielki młyna Karoliny Naglik snycerz Stanisław Jarząbek wykonał wyposażenie świątyni.
W grudniu 1892 r. kęcki proboszcz i dziekan oświęcimski ks. Maciej Warmuz odprawił w kościele kapucynek pierwszą mszę św. Uroczysta konsekracja połączona z nadaniem wezwania - Trójcy Przenajświętszej - odbyła się 10 września 1893 r. Dokonał jej ks. kardynał Albin Dunajewski. Pierwsze obłóczyny odbyły się 18 września 1894 r. Od początku swojego istnienia kęcki klasztor miał charakter klauzurowy i kontemplacyjny. Siostry zachowywały całoroczny post i spały w trumnach.
Pomimo wieloletnich starań, nie udało się kapucynkom uzyskać zatwierdzenia zgromadzenia przez władze kościelne i austriackie. Wobec groźby kasaty w 1907 r. podjęto decyzję o przyłączeniu kęckich kapucynek do zgromadzenia już funkcjonującego. Wybór padł na Franciszkanki Najświętszego Sakramentu ze Lwowa. Zgodę na inkorporację wydała Stolica Apostolska 15 czerwca 1909 r., wcześniej przychylnie zaopiniowali prośbę kęckich mniszek ordynariusze obu diecezji: krakowskiej kardynał Jan Puzyna oraz lwowskiej - wyniesiony na ołtarze arcybiskup Józef Bilczewski. W tym czasie przebudowany został kościół klasztorny, by dostosować wnętrze do charyzmatu wieczystej adoracji Najświętszego Sakramentu; wyburzono ścianę za ołtarzem i w części centralnej ustawiono tron eucharystyczny. Ponadto od strony południowej dobudowana została do kościoła kaplica pw. Męki Pańskiej (poświęcona 8 czerwca 1910 r. przez ks. Macieja Warmuza).
10 stycznia 1910 r. w Kętach podpisany został Akt Unii, wówczas też kęckie siostry zmieniły nazwę na Franciszkanki Najświętszego Sakramentu. Kapucynki, w tym 77-letnia wówczas Matka Łempicka, odbyły ponownie nowicjat. 6 lutego tego samego roku na eucharystycznym tronie wystawiona została monstrancja z Najświętszym Sakramentem, którego adoracja od tego dnia trwa nieustannie do dziś. 30 sierpnia 1913 r. w zakonie franciszkanek zaprowadzona została klauzura papieska. 24 stycznia 1918 r. zmarła Matka Maria Łempicka. 7 lutego 2006 r. rozpoczął się jej proces beatyfikacyjny na szczeblu diecezjalnym.
Wojenne zawieruchy oszczędziły kęcki klasztor. W styczniu 1947 r. jako wotum za szczęśliwe przetrwanie okresu okupacji niemieckiej franciszkanki z Kęt założyły swój nowy klasztor w Słupsku. W roku 1970 zakon Franciszkanek Najświętszego Sakramentu zmienił nazwę na Mniszki Klaryski od Wieczystej Adoracji.
Fasada kościoła wpisana jest w południowo-wschodni narożnik zabudowań klasztornych. Z prawej ukazuje się bryła skrzydła klasztoru o skromnej architekturze, nie pozbawionej jednak elegancji, dzięki profilowanemu gzymsowi oddzielającemu elewacje i tworzącemu obramienia prostokątnych okien. Od strony północnej znajduje się ustawione prostopadle drugie skrzydło zabudowań klasztornych. Po lewej zaś stronie do zewnętrznych murów kaplicy Męki Pańskiej przylega mur odgradzający od ulicy niewielki dziedziniec.
Fasada kościoła, wpisana w linię zewnętrznych murów budynku klasztornego, zaznaczona została poprzez zamknięty trójkątnie zryzalitowany portyk mieszczący wejście główne oraz wysoki uskokowy szczyt zwieńczony krzyżem. Z lewej strony widać prostokątną bryłę kaplicy z ostrołukowymi oknami. Od góry zabudowania obiega dekoracyjny arkadkowy fryz. Uwagę zwraca również wysmukła sygnaturka o bogatej gotyckiej ornamentyce, umieszczona ponad częścią chórową.
Do wnętrza wiedzie wejście przez niewielką kruchtę po kilku schodkach. W małej ściennej niszy po prawej stronie znajduje się figurka św. Antoniego, do którego wielką pobożność żywiła Matka Maria Łempicka. W jednonawowym wnętrzu kościoła niewielka przestrzeń podzielona została na trzy przęsła przyściennymi korynckimi kolumnami. Podtrzymują łukowato wygięte imposty wspierające interesujący drewniany strop, ukształtowany na wzór rzymskich bazylik - przełamany i znacznie wyższy pośrodku. Konstrukcja ta tworzy na ścianie oddzielającej chór zakonny iluzoryczny łuk tęczy o wykroju trójliścia. Faktycznie prześwit łączący z nawą część przeznaczoną dla klauzurowych sióstr jest znacznie niższy - pod nim ustawiony został wysoki tron wystawienia. Na nim pod złoconym neogotyckim baldachimem opartym na czterech kolumienkach króluje Chrystus Eucharystyczny w monstrancji adorowany cały czas przez siostry zakonne oraz licznie odwiedzających sanktuarium wiernych.
Najpiękniejszym elementem świątyni jest neogotyckie wyposażenie, które wykonał znakomity snycerz Stanisław Jarząbek w latach 1890-1893. Szczególnie imponujący jest ołtarz główny. Ponad bogato zdobioną mensą wznosi się retabulum zakomponowane na schemacie trójprzelotowego łuku o wyższej części środkowej. Pełna światła kompozycja zachwyca strzelistymi proporcjami i niezwykłą precyzją ornamentów: pinakli, pełzanek, rozet, kwiatonów, szczególnie widocznych w zwieńczeniach. Część środkowa tworzy obramowanie dla ustawionego w głębi tronu z monstrancją, boczne łuki spływają, dotykając ścian kościoła, pozbawione bocznych podpór stwarzają wrażenie lekkości, podkreślając ażurową kompozycję. W arkadach pod nimi przyklękły adorujące Hostię anioły. Zwróćmy uwagę na znakomity zabieg stylistyczny artysty, który zróżnicował kolorystycznie figury od małej architektury, co widoczne będzie także w ołtarzach w kaplicy Męki Pańskiej. Warto pamiętać, że nad projektem ołtarza czuwał osobiście błogosławiony o. Honorat Koźmiński.
O estetycznych walorach wyposażenia decyduje zarówno znakomity warsztat artysty, jak i jednorodność stylistyczna wszystkich elementów. Uwagę przykuwa ustawiona na kolumience ambona o strzelistym baldachimie, której kosz zdobią płaskorzeźbione przedstawienia Ewangelistów, piękny kandelabr, czy wreszcie tralkowa balustrada oddzielająca prezbiterium od nawy.
Na ścianie po lewej stronie ołtarza głównego widnieje marmurowa tablica upamiętniająca założycielkę kęckiego klasztoru Matkę Marię od Najświętszego Serca Jezusa Walentynę Łempicką. Natomiast symetrycznie po drugiej stronie znajduje się zakratowane okienko, przez które przystępują do komunii świętej klauzurowe siostry.
Znajdujące się po lewej stronie w ostatnim przęśle nawy przejście wiedzie do kaplicy Męki Pańskiej. Przy zachodniej ścianie ustawiony został ołtarz pasyjny. Stylistycznie oraz kolorystycznie koresponduje on z ołtarzem w nawie kościoła: ciemnobrązowe elementy architektoniczne stanowią tło dla jasnych figur: Chrystusa na krzyżu oraz ustawionych wtórnie postaci Matki Boskiej i św. Jana po obu stronach Ukrzyżowanego. Warto zwrócić uwagę na misterną gotycką ornamentykę oraz piękną dekorację tła: z motywami kwiatów, wici roślinnych i czteroliści.
Po prawej stronie znajduje się kolejny ołtarz, dedykowany Matce Boskiej Niepokalanej, której jasna postać króluje w środkowej wnęce zwieńczonej wimpergowym szczytem. Po bokach Marii w niższych ostrołukowych niszach św. Józef z Dzieciątkiem (z lewej) i św. Franciszek z Asyżu. Górną kondygnację ołtarza stanowi bogate ażurowe zwieńczenie. Pomiędzy gotyckimi sterczynami ponad polem środkowym ustawiono niewielką figurkę św. Klary, nieco niżej nad polami bocznymi widzimy adorujące anioły. Ołtarz ten do czasu przebudowy kościoła znajdował się przy zachodniej ścianie II przęsła nawy głównej.
Z kaplicy Męki Pańskiej prowadzi przejście na niewielki dziedziniec dostępny dla wiernych, pośrodku którego ustawiono figurę Matki Boskiej Fatimskiej w otoczeniu zieleni. Od strony zachodniej zamyka go budynek, w którym znajduje się mieszkanie kapelana sióstr.