We wschodniej części placu przykościelnego od ponad trzystu lat stoi budowla przypominająca o najsłynniejszym z kęczan - to kościół pod wezwaniem św. Jana Kantego, w lokalnej tradycji zwany kaplicą.
Świątynia, wybudowana podobno na miejscu urodzin świętego profesora Akademii Krakowskiej, jest już drugą w tym miejscu. Pierwsza, ufundowana przez księcia Sykstusa Lubomirskiego, została ukończona w 1648 r. Ze względu na rozszerzający się kult Jana Kantego (wówczas jeszcze przedkanonizacyjny) i związany z nim wzmożony ruch pielgrzymkowy do miejsca jego urodzenia, w roku 1715 na miejscu niewielkiej kaplicy wybudowano okazalszy kościół. Jego fundatorami byli ks. Marcin Ośliński - dziekan kolegiaty św. Anny w Krakowie oraz ks. Jan Chryzostom Pyzowic - kanonik krakowski i prebendarz kaplicy św. Jana Kantego. Konsekrował go biskup krakowski Krzysztof Szembek w roku 1781.
Jednonawową, orientowaną świątynię, zbudowano na planie prostokąta z kwadratowym prezbiterium. Artykulacja dwukondygnacyjnej fasady przeprowadzona została za pomocą pilastrów na wspólnym cokole o kompozytowych kapitelach zdobionych roślinnymi motywami i uskrzydlonymi główkami aniołów. Dzielą one fasadę na trzy pola. Środkowe, najszersze mieści prostokątne wejście o prostym, listwowym portalu. Ponad nim znajduje się prostokątna wnęka, powyżej analogiczne okno zamknięte łukiem odcinkowym. Obecnie mieści się w nim witraż przedstawiający patrona kościoła. W bocznych polach widzimy nisze z neobarokowymi figurami świętych Piotra i Pawła. Pilastry podtrzymują pełne belkowanie, wyłamujące się ponad nimi, o gładkim fryzie i bogato profilowanym gzymsie. Kondygnacja górna jednoosiowa i jednopolowa ze spływami po bokach, wieńczy fasadę. W konchowej niszy pośrodku znajduje się kamienna figura Chrystusa z 1980 r., ponad nią płaskorzeźbiony znak Trójcy Świętej w glorii. Pozostałe elewacje zewnętrzne są bardzo skromne, od północy do kościoła przylega prostokątna zakrystia, tamże znajduje się wejście boczne, elewację południową urozmaicają prostokątne wnęki, mieszczące dwa rzędy okien.
Do trójprzesłowej nawy podzielonej parzystymi pilastrami korynckimi, dźwigającymi belkowanie z bogatym, profilowanym, wyłamującym się nad parami gzymsem, prowadzi prostokątna kruchta, mieszcząca wejście na chór. Efekt falującej przestrzeni podkreślają dodatkowo imposty umieszczone ponad pilastrami, podtrzymujące kolejny profilowany gzyms, który wyłamuje się ponad nimi w rytmie nie pokrywającym się z układem belkowania. Zjawisko to szczególnie widoczne jest w zamkniętym łukiem prezbiterium. Nawę od prezbiterium oddziela półokrągła tęcza, podkreślona zdwojonymi pilastrami. Ponad nawą rozpościera się kolebka z lunetami, prezbiterium przykrywa sklepienie kopulaste na pendentywach. W nim polichromia z przedstawieniem Trójcy Świętej. Wnętrze kościoła oświetlają dwa rzędy okien na ścianie południowej oraz okna górnego rzędu na ścianie północnej.
Pochodzący z 1722 r. architektoniczny, jednokondygnacyjny ołtarz główny, flankują dwie spiralne kolumny kompozytowe, podtrzymujące belkowanie. W polu środkowym znajduje się obraz przedstawiający świętego Jana z Kęt. Po bokach, na tle kolumn stoją posągi ewangelicznych imienników profesora Akademii Krakowskiej: Jana Chrzciciela i Jana Ewangelisty. Ponad bramkami prowadzącymi za ołtarz umieszczono dwie pełnopostaciowe figury ojców kościoła: św. Augustyna i św. Ambrożego. Zwieńczenie części środkowej stanowi Baranek Apokaliptyczny w glorii promienistej, poniżej widnieje herb Akademii Krakowskiej, na przerwanym przyczółku po bokach adorujące klęczące anioły. Kolorystyka całego wyposażenia jest biało-złota, figury złocone. Warto także zwrócić uwagę na misterny ornament regencyjny pojawiający się na powierzchni kolumn i w polach pomiędzy nimi: liście suchego akantu przeplecione wstęgami. W centrum kompozycji ściany ołtarzowej znajduje się bogate tabernakulum w formie tronu eucharystycznego utworzonego przez paludament. Warto pamiętać, że ołtarz w sposób bezpośredni nawiązuje do wyposażenia kościoła akademickiego pw. św. Anny w Krakowie, gdzie znajduje się grób św. Jana.
W prezbiterium ponad wejściem do zakrystii wmurowana została marmurowa tablica upamiętniająca fundację pierwszej kaplicy oraz druga, przypominająca poświęcenie obecnej w 1781 r.
Dopełnieniem wyposażenia świątyni są dwa jednopolowe ołtarze boczne, nieco późniejsze niż główny, z obrazami z 1838 r., przedstawiającymi Matkę Boską Anielską i św. Józefa z Dzieciątkiem oraz ambona zdobiona płaskorzeźbionymi postaciami świętych Janów: Ewangelisty, Chrzciciela i Kantego. Na bocznych ołtarzach umieszczono sentencje: "Patrz swego, a nie pragnij cudzego"; "Kochaj Boga i bliźniego, poznaj siebie samego". Na ołtarzu św. Józefa widzimy umieszczoną w przeszklonej gablocie woskową figurę św. Jana Kantego w stroju profesora Akademii Krakowskiej z czasów kanonizacji, ofiarowaną Kętom przez profesorów tej uczelni w l767 r.
Na arkadzie tęczowej widnieje rzeźbiona grupa Urzyżowania z XVIII-wiecznym Chrystusem na krzyżu i późniejszymi figurami Matki Boskiej i św. Jana o ludowych cechach stylowych. Ścianę pokrywa polichromia przedstawiająca Matkę Boską i świątobliwą Ludowikę.
Warto zwrócić uwagę na rokokowe ławki oraz obrazy. Szczególnie interesująca jest wczesnobarokowa wieloplanowa kompozycja, ukazująca cudowne uzdrowienie mieszczki kęckiej Łucji Kajoszkowej z 1648 r. - przykład malarstwa wotywnego, pochodząący najprawdopodobniej z pierwszego kościoła. W przestrzeni podchórowej widzimy marmurowe epitafium ks. Marcina Oślińskiego i ks. Jana Pyzowica - fundatorów obecnej kaplicy.