Podobno pierwszy, drewniany kościół istniał w miejscu obecnego jeszcze w wieku XIII. W wieku XIV zastąpił go nowy, murowany, którego pozostałości można oglądać na zewnętrznych ścianach prezbiterium. Świątynia ta przetrwała do czasu potopu szwedzkiego. W roku 1657 została spalona, zaś w roku 1661 odbudowana w stylu barokowym, z częściowym wykorzystaniem zachowanych elementów architektonicznych. Wówczas najpewniej przeprowadzono także barokizację architektury wewnętrznej prezbiterium. Na przełomie wieków XVIII i XIX kościół uległ katastrofie budowlanej. Zawaliły się wówczas ostatnie, zachodnie przęsła trójnawowej bazyliki poza przęsłem nawy południowej - dziś łączy ono kościół z wieżą w formie otwartego, sklepionego przedsionka, mieszczącego m.in. parafialny sklepik. Według przekazów, także rozebrano istniejącą wówczas wieżę północną, z uzyskanego zaś materiału wybudowano parterową plebanię.
W zachodniej fasadzie kościoła szczególnie zwraca uwagę jakby dobudowana w południowym narożniku kwadratowa wieża, znacznie wysunięta przed lico ściany. Sama fasada również uderza niezwykłą jak na barokową budowlę, uproszczoną, pozbawioną niemal zupełnie dekoracji formą. To niecodzienne rozwiązanie architektoniczne jest efektem wspomnianej katastrofy budowlanej.
Obszerny kościelny plac otoczony jest zabytkowymi drzewami. W ostatnich latach systematycznie wymieniana jest nawierzchnia, przykrywająca istniejący tu niegdyś cmentarz, który znajdował się we wschodniej części dziedzińca. Skierowane na wschód prezbiterium świątyni jest znacznie niższe i węższe od bryły naw kościoła, przypominając o odległej historii budowli. Masywne przypory zewnętrzne, ostrołukowe okna oraz wysoki, strzelisty dach to pozostałość gotyckiego rodowodu obecnej, barokowej świątyni.
Kościół wybudowany został na planie krzyża łacińskiego. Jest trójnawową bazyliką z pseudotranseptem utworzonym przez umiejscowione symetrycznie od północy i południa kwadratowe kaplice, od środka przylegające do ostatniego od wschodu przęsła nawy głównej. Ujęte w narożnikach załamującymi się wzdłuż krawędzi ścian pseudopilastrami o kapitelach utworzonych z pasów profilowanego gzymsu, z dekoracyjnymi obramieniami prostokątnych okien, zwieńczonych trójkątnymi przyczółkami, nakryte kopułami z sygnaturkami, stanowią najbogatsze części architektury zewnętrznej świątyni. W kaplicy południowej w okrągłołukowej wnęce widnieje duży drewniany XVIII-wieczny krucyfiks, według tradycji pochodzący ze spalonego kościoła pw. św. Krzyża.
Masywna kościelna wieża, wysoka na 40 m, niegdyś zwieńczona drewnianą konstrukcją, ok. 1910 r. otrzymała kryty miedzianą blachą neobarokowy hełm. Skromny portal w jej przyziemiu wiedzie do sklepionej, otwartej od południa i północy przestrzeni podwieżowej. Na jej ścianach 2 interesujące obrazy: XVII-wieczne monumentalne płótno przedstawiające modlitwę Chrystusa w Ogrójcu o wieloplanowej, barokowej kompozycji oraz portret świątobliwej Ludowiki Maciejewskiej (ok. 1563-1623), pochodzącej z Kęt tercjarki, która przez trzydzieści lat spędzonych w Rzymie niosła pomoc ubogim i chorym, tam też zmarła i została pochowana w kościele polskim pw. św. Stanisława. Pierwotnie obraz ten, pochodzący z pocz. XIX w. znajdował się w kościele, w ołtarzu św. Anny. W obecne miejsce przeniesiono go w 1904 r. Warto też zwrócić uwagę na niewielki XVIII-wieczny drewniany krucyfiks wiszący przy drzwiach prowadzących do południowej nawy kościoła.
Fasada kęckiej świątyni, pozbawiona architektonicznego detalu, w dolnej kondygnacji umocniona masywnymi szkarpami, zwieńczona prostym trójkątnym szczytem, dziś nie daje nawet wyobrażenia pierwotnego swojego wyglądu. Po obu stronach wejścia głównego, ujętego skromnym, kamiennym portalem, stoją piaskowcowe XIX-wieczne kropielnice. Podobne znajdują się przy wejściach bocznych, prowadzących do nawy północnej i południowej. W ścianie po lewej stronie drzwi widnieje wmurowana tablica upamiętniająca kęczan poległych i zaginionych na frontach XX-wiecznych wojen. Poniżej znajdują się symboliczne groby wraz z ziemią przywiezioną z krematorium obozu Auschwitz, Monte Cassino oraz Katynia. Pomnik ten ufundował w 1959 r. Obywatelski Komitet Odbudowy Pomnika św. Jana Kantego, usuniętego z Rynku przez Niemców, ze środków zebranych na przywrócenie figury w pierwotne miejsce, na które jednak nie zezwoliły ówczesne władze miasta. Warto w tym momencie przypomnieć, że ów pomnik, wystawiony przez obywateli Kęt w 1851 r., po demontażu z rozkazu okupanta (1941 r.) był przechowywany właśnie w parafialnym kościele, początkowo w niszy na fasadzie, a od 1973 r. we wschodniej części kościelnego placu, ustawiony na wysokim postumencie. Dziś, po powrocie w 1992 r. figury na Rynek, jej miejsce zajęła kopia. Obok widzimy tablicę upamiętniającą żołnierzy III Kompanii Obrony Narodowej Kęty, ufundowaną przez kęckie koło Związku Kombatantów RP i b. Więźniów Politycznych.
Architektura wewnętrzna kościoła jest znacznie bogatsza niż zewnętrzna. Długą, niższą od nawy głównej przestrzeń prezbiterium dzielą na trzy przęsła zdwojone pilastry z kapitelami doryckimi z ornamentem wolich oczu. Ponad nimi fragmenty pełnego belkowania, z których wyrastają gurty podtrzymujące sklepienie kolebkowe z lunetami. Sklepienie zdobią listwowe dekoracje stiukowe o fantazyjnych, geometrycznych kształtach. W oknach współczesne witraże z przedstawieniami św. Jana Kantego i papieża Jana Pawła II.
Najpiękniejszym elementem wyposażenia kęckiej świątyni jest barokowy ołtarz główny z lat 60. XVII w., zbudowany na schemacie łuku triumfalnego, w którym środkowe pole jest szersze i wyższe niż boczne. Trójkondygancyjny, tworzy ścianę zamykającą prezbiterium. Pola oddzielają pełne kolumienki, po bokach części centralnej pary, podtrzymujące wyłamujące się ponad nimi belkowanie, które pośrodku wieńczy trójkątny przyczółek. Ponad nim ujęty bogatym architektonicznym obramieniem XVII-wieczny obraz przedstawiający Przemienienie Pańskie, zwieńczony glorią promienistą z monogramem Chrystusa.
W środkowym polu ołtarza znajduje się XVII-wieczny obraz przestawiający Matkę Boską z Dzieciątkiem w otoczeniu patronek kościoła: św. Małgorzaty i św. Katarzyny w charakterystycznym dla polskiego malarstwa sakralnego tego czasu ujęciu. W polach bocznych zaś figury św. Wojciecha i św. Stanisława. Ponad gzymsem umieszczono rzeźby św. Kazimierza i św. Wacława oraz dwóch aniołów, natomiast w II kondygnacji, po obu stronach obrazu znajdują się postaci św. Franciszka i św. Antoniego. Kęcki ołtarz oddziałuje na nas nie tylko walorami architektonicznymi, rzeźbiarskimi i malarskimi; warto zwrócić uwagę na piękną ornamentykę, szczególnie zaś na charakterystyczny ornament małżowinowo-chrząstkowy, tworzący uszaki flankujące konstrukcję II kondygnacji.
Ściany świątyni pokrywają polichromie autorstwa krzeszowickiego malarza Konarskiego z 1956 r. prezentujące bogaty program ikonograficzny, którego kulminacją jest kompozycja na łuku tęczowym od strony nawy, ukazująca najważniejszych polskich świętych. Malowidła urzekają elegancką niebiesko-różową kolorystyką, znakomicie podkreślającą stiukowe dekoracje ścian i sklepień.
Stojąc przed tęczą i kierując się ku południowej kaplicy, na ścianie podtrzymującej arkadę zobaczymy chrzcielnicę, poświeconą 20 marca 1966 r. przez ówczesnego kardynała Karola Wojtyłę. Ponad nią obraz przedstawiający Chrzest Chrystusa z przełomu XVII i XVIII w. w skromniej drewnianej ramie, zwieńczony niewielkim obrazkiem Gołębicy Ducha Świętego. Powyżej zawieszono XVII-wieczne przedstawienie Boga Ojca, prawdopodobnie pochodzące z niezachowanego ołtarza. Często w miejscu tym zawieszany jest sporych rozmiarów obraz "Jezu ufam Tobie", zasłaniający opisaną kompozycję. Dalej, pod łukiem zdobionej sztukaterią arkady łączącej nawę główną z kaplicą, ustawiono ołtarz z kopią obrazu Matki Boskiej Częstochowskiej w złoconej sukience (lata 70. XXw.). W miejscu tym kiedyś znajdował się ołtarz cechu krawców z obrazem ich patrona, św. Walentego z 1664 r., dziś umieszczonym pomiędzy kaplicą a południową nawą.
Centralną przestrzeń kaplicy Matki Boskiej Pocieszenia dzielą doryckie pilastry, na których spoczywa bogato dekorowane sztukaterią belkowanie. Wyrastają z niego stiukowe profilowane arkady, podkreślające konstrukcję części sklepiennej. Znajdujące się w ścianach południowej i wschodniej okna ujmują stiukowe obramienia z wolutami. Na podtrzymujących czaszę kopuły pendentywach wykonane w tej samej technice kartusze z malowanymi przedstawieniami świętych. Sztukateria zdobi również czaszę kopuły. Witraże w oknach północnych z przedstawieniami Matek Ziemskiej i Niebieskiej oraz świątobliwej Ludowiki Kęckiej i św. brata Alberta, wykonane zostały w 1983 r.
Na ścianie wschodniej, w neorokokowym ołtarzu (II poł. XIX w.) znajduje się czczony od wieków wizerunek Matki Boskiej Pocieszenia, zwanej kęcką. Gotycki obraz, malowany temperą na desce, przedstawia Marię z Dzieciątkiem w typie bizantyjskiej Hodegetrii. Powstał prawdopodobnie w pracowni krakowskiej w drugiej ćwierci XV w. Wokół rozwieszone są liczne wota, przypominające o cudach dokonanych za wstawiennictwem kęckiej Madonny, ukoronowanej 18 września 1988 r. Dzięki rozwijającej się pobożności maryjnej w ostatnich latach, kęcka świątynia uzyskała status sanktuarium Matki Boskiej Pocieszenia. "Na zasuwkę" prezentowany jest w ołtarzu XIX-wieczny obraz przedstawiający św. Rodzinę.
Na sąsiadującej ścianie widnieje XVIII-wieczny ołtarz ufundowany przez kęcki cech masarzy, w formie arkadowej wnęki, ujętej rzeźbionym paludamentem z motywem dziecięcych aniołków. Flankują go pilastry z figurami Archanioła Michała i Anioła Stróża. We wnęce pośrodku Krucyfiks z poł. XVII w., drewniany, polichromowany i złocony. Po bokach krzyża ustawiono figury Matki Boskiej i św. Jana z I ćwierci XX w., autorstwa J. Jury z Wadowic. Na antependium ołtarza umieszczono malowane na płótnie insygnia Męki oraz Gorejące Serce w glorii. Według tradycji, ołtarz ten - a być może jedynie XVII-wieczny Krucyfiks - pochodzi z rozebranego w 1786 r. kościoła Świętego Krzyża.
Pomiędzy ołtarzami w konchowych ściennych niszach stoją drewniane polichromowane figury z końca XIX w.: po bokach ołtarza Matki Boskiej Najświętsze Serce Jezusa i Serce Najświętszej Marii Panny, po bokach Ukrzyżowania św. Katarzyna Sieneńska i św. Jacek Odrowąż.
Za okrągłołukową arkadą, oddzielającą kaplicę od jedynego dziś zachowanego przęsła nawy bocznej, znajduje się wspomniany obraz św. Walentego, pochodzący z niezachowanego ołtarza cechu krawieckiego. To interesujący przykład XVII-wiecznego malarstwa sakralnego. Święty ukazany został we wnętrzu kościoła - na malowanym ołtarzu poza nim zobaczymy wizerunek Matki Boskiej z Dzieciątkiem - najprawdopodobniej jest to przedstawienie znanej nam Madonny Kęckiej. Z prawej strony obrazu artysta umieścił grupę klęczących wiernych w staropolskich strojach. Warto także przyjrzeć się zachowanym w lewym dolnym rogu kompozycji napisom w języku łacińskim, informującym o fundacji dzieła w 1664 r. i jego renowacjach dokonanych przez kęckiego malarza Karola Stankiewicza w 1881 r. i Stanisława Kalinowskiego w 1909 r.
Na ścianach świątyni zawieszono stacje Drogi Krzyżowej z II poł. XIX w., ujęte w bogate drewniane polichromowane ramy w formie edikul, przed którymi odbywają się nabożeństwa pasyjne.
Na północnej ścianie podtrzymującej arkadę tęczy widać bogato zdobioną neobarokową ambonę z początku XX w., wykonaną przez Stanisława Jarząbka. Obok w neobarokowym ołtarzu o bogatym zwieńczeniu, znajduje się reliefowe przedstawienie Jezusa Bolesnego w typie bielańskim. Ołtarz ten należał niegdyś do cechu szewców i garbarzy, o czym dziś przypominają ustawione po bokach figury patronów tych rzemiosł, św. Kryspina i Kryspiniana. We wklęsłych, ustawionych pod kątem bocznych polach umieszczono natomiast postaci św. Wawrzyńca i św. Szczepana. Na mensie ołtarza widzimy pochodzący z II poł. XVII w. portret św. Jana Kantego, przywieziony do Kęt w 1819 r. przez biskupa tarnowskiego.
Dalej znajduje się północna kaplica dedykowana Matce Boskiej Różańcowej. Eklektyczny ołtarz patronki (1904 r.) znajduje się na wprost, przy północnej ścianie. W nim widnieje obraz przedstawiający Matkę Boską z Dzieciątkiem siedzącą na tronie wśród róż, adorowaną przez św. Dominika i św. Katarzynę Sieneńską, autorstwa Władysława Rossowskiego z Krakowa. Na mensie w przeszklonej gablocie ustawiono późnobarokową drewnianą i złoconą rzeźbę św. Anny Samotrzeć (prawdopodobnie z początku XIX w.), niegdyś znajdującą się w ołtarzu o takim wezwaniu wraz z umieszczonym "na zasłonę" obrazem świątobliwej Ludowiki, który obecnie zawieszony jest na zewnątrz kościoła.
Po obu stronach ołtarza Matki Boskiej Różańcowej widać konchowe nisze z drewnianymi figurami świętych Alojzego Gonzagi i Stanisława Kostki (koniec XIX w.), które niegdyś ustawione były na ołtarzu Serca Jezusowego.
Na wschodniej ścianie kaplicy znajduje się dawny ołtarz kuśnierski, o neorokokowej formie, korespondującej z ołtarzem Matki Boskiej Pocieszenia. Pole główne wypełnia XIX-wieczny obraz "Najświętsze Serce Jezusa".
Witraże z przedstawieniami gorejącego Serca Pana Jezusa oraz św. Maksymiliana Kolbego pochodzą z roku 1983.
W północnej nawie znajduje się bogaty nagrobek Matek Założycielek Zgromadzenia Sióstr Zmartwychwstania Pańskiego - Celiny i Jadwigi Borzęckich, wystawiony po przeniesieniu ich prochów do kościoła z krypty pod kaplicą macierzystego klasztoru w 2001 r. W oknie powyżej widać witrażowe przedstawienie tych kandydatek na ołtarze (1983 r.)